Výhodou vnitřní filtrace akvária je především její cena. Není totiž tak nákladná na pořízení jako filtry vnější, které mají větší obsah filtračních hmot a jsou umístěny mimo akvárium.

Existují tři základní typy vnitřních filtrů. Jednak filtry s motorem, které jsou kompaktní a obsahují v sobě jak čerpadlo, tak filtrační molitan. Jejich nevýhodou je, že neobsahují příliš mnoho filtračních náplní. Nejznámější průkopníky filtrů s motorem jsou vnitřní filtry Eheim. Další možností je pořízení čerpací hlavy, která slouží jako čerpadlo, kterým prochází voda, na kterou nasadíme molitanovou kostku. Dostaneme tak větší prostor pro filtrační materiál. Posledním typem jsou tzv. bublifuky, které se napojují na vzduchovací motorek. Ty jsou vhodné spíše pro malá akvária do 50 litrů.